La toxicidad para la reproducción tiene muchas diferencias únicas y desafiantes con respecto a la toxicidad para otros sistemas. Mientras que otras formas de toxicidad ambiental generalmente implican el desarrollo de una enfermedad en un individuo expuesto, debido a que la reproducción requiere la interacción entre dos individuos, la toxicidad reproductiva se expresará dentro de una unidad reproductiva o pareja. Este aspecto único, dependiente de la pareja, aunque obvio, hace que la toxicología reproductiva sea distinta. Por ejemplo, es posible que la exposición a un tóxico por parte de un miembro de una pareja reproductiva (p. ej., el hombre) se manifieste por un resultado reproductivo adverso en el otro miembro de la pareja (p. ej., mayor frecuencia de abortos espontáneos). Cualquier intento de abordar las causas ambientales de la toxicidad reproductiva debe abordar el aspecto específico de la pareja.
Hay otros aspectos únicos que reflejan los desafíos de la toxicología reproductiva. A diferencia de la función renal, cardíaca o pulmonar, la función reproductiva ocurre de manera intermitente. Esto significa que las exposiciones ocupacionales pueden interferir con la reproducción pero pasar desapercibidas durante los períodos en los que no se desea la fertilidad. Esta característica intermitente puede dificultar la identificación de un tóxico reproductivo en humanos. Otra característica única de la reproducción, que se deriva directamente de la consideración anterior, es que la evaluación completa de la integridad funcional del sistema reproductivo requiere que la pareja intente el embarazo.