La toxicité pour la reproduction présente de nombreuses différences uniques et difficiles entre la toxicité et d'autres systèmes. Alors que d'autres formes de toxicité environnementale impliquent généralement le développement d'une maladie chez un individu exposé, la reproduction nécessitant une interaction entre deux individus, la toxicité reproductive s'exprimera au sein d'une unité de reproduction ou d'un couple. Cet aspect unique, dépendant du couple, bien qu'évident, distingue la toxicologie de la reproduction. Par exemple, il est possible que l'exposition à une substance toxique par un membre d'un couple reproducteur (par exemple, l'homme) se manifeste par un résultat reproductif défavorable chez l'autre membre du couple (par exemple, fréquence accrue d'avortements spontanés). Toute tentative de traiter les causes environnementales de la toxicité reproductive doit tenir compte de l'aspect spécifique au couple.
Il existe d'autres aspects uniques qui reflètent les défis de la toxicologie de la reproduction. Contrairement à la fonction rénale, cardiaque ou pulmonaire, la fonction de reproduction se produit par intermittence. Cela signifie que les expositions professionnelles peuvent interférer avec la reproduction mais passer inaperçues pendant les périodes où la fertilité n'est pas souhaitée. Cette caractéristique intermittente peut rendre plus difficile l'identification d'une substance toxique pour la reproduction chez les humains. Une autre caractéristique unique de la reproduction, qui découle directement de la considération ci-dessus, est que l'évaluation complète de l'intégrité fonctionnelle du système reproducteur exige que le couple tente une grossesse.