La tossicità riproduttiva ha molte differenze uniche e stimolanti dalla tossicità ad altri sistemi. Mentre altre forme di tossicità ambientale comportano tipicamente lo sviluppo della malattia in un individuo esposto, poiché la riproduzione richiede l'interazione tra due individui, la tossicità riproduttiva sarà espressa all'interno di un'unità riproduttiva, o coppia. Questo aspetto unico, dipendente dalla coppia, sebbene ovvio, distingue la tossicologia riproduttiva. Ad esempio, è possibile che l'esposizione a una sostanza tossica da parte di un membro di una coppia riproduttiva (ad es. il maschio) si manifesti con un esito riproduttivo avverso nell'altro membro della coppia (ad es. aumento della frequenza di aborti spontanei). Qualsiasi tentativo di affrontare le cause ambientali della tossicità riproduttiva deve affrontare l'aspetto specifico della coppia.
Ci sono altri aspetti unici che riflettono le sfide della tossicologia riproduttiva. A differenza della funzione renale, cardiaca o polmonare, la funzione riproduttiva si verifica in modo intermittente. Ciò significa che le esposizioni professionali possono interferire con la riproduzione ma passare inosservate durante i periodi in cui la fertilità non è desiderata. Questa caratteristica intermittente può rendere più difficile l'identificazione di un tossico per la riproduzione negli esseri umani. Un'altra caratteristica unica della riproduzione, che deriva direttamente dalla considerazione di cui sopra, è che la valutazione completa dell'integrità funzionale del sistema riproduttivo richiede che la coppia tenti una gravidanza.