A toxicidade reprodutiva tem muitas diferenças únicas e desafiadoras da toxicidade para outros sistemas. Enquanto outras formas de toxicidade ambiental normalmente envolvem o desenvolvimento da doença em um indivíduo exposto, porque a reprodução requer interação entre dois indivíduos, a toxicidade reprodutiva será expressa dentro de uma unidade reprodutiva ou casal. Esse aspecto único dependente do casal, embora óbvio, torna a toxicologia reprodutiva distinta. Por exemplo, é possível que a exposição a um tóxico por um membro de um casal reprodutivo (por exemplo, o homem) se manifeste por um resultado reprodutivo adverso no outro membro do casal (por exemplo, aumento da frequência de aborto espontâneo). Qualquer tentativa de lidar com as causas ambientais da toxicidade reprodutiva deve abordar o aspecto específico do casal.
Existem outros aspectos únicos que refletem os desafios da toxicologia reprodutiva. Ao contrário da função renal, cardíaca ou pulmonar, a função reprodutiva ocorre de forma intermitente. Isso significa que as exposições ocupacionais podem interferir na reprodução, mas passam despercebidas durante os períodos em que a fertilidade não é desejada. Essa característica intermitente pode dificultar a identificação de um tóxico reprodutivo em humanos. Outra característica única da reprodução, que decorre diretamente da consideração acima, é que a avaliação completa da integridade funcional do sistema reprodutivo exige que o casal tente a gravidez.